Les nanotechnologies suscitent à la fois crainte et espoir, comme c'est souvent le cas pour toute nouvelle technologie. Cela est d'autant plus vrai dans le secteur agroalimentaire, car il touche à une fonction vitale pour l'être humain : se nourrir. La CEST s'est penchée sur les enjeux éthiques soulevés par la recherche scientifique, son transfert et sa mise en marché, tels que la liberté de choix pour les consommateurs, le partage des fruits de la recherche, les répercussions sur la santé publique, le développement durable et la préservation de la biodiversité.
Les recommandations formulées par la Commission ont notamment mené à la création du portail Internet Agri-Réseau, qui regroupe de l'information factuelle et indépendante sur plusieurs thèmes de l'agroalimentaire. Il est l'œuvre d'une collaboration entre le ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec, l'Observatoire sur les nanotechnologies dans l'agroalimentaire et le Centre de référence en agriculture et agroalimentaire du Québec (CRAAQ).
