La Commission a donc procédé à une consultation auprès des chercheurs employés par le gouvernement du Québec ou sous contrat avec celui-ci. Cette enquête a mis en évidence que s’il n’y a aucune censure exagérée dans la recherche effectuée au niveau provincial, il existe des pratiques qui pourraient servir à museler les scientifiques. Partant de ce constat, la Commission a recommandé :
- que soit instauré un mécanisme de dépôt des rapports générés par les chercheurs;
- qu’un organisme spécifique se charge de régler les litiges ponctuels entre les chercheurs et le gouvernement;
- qu’un code d’éthique pour la recherche gouvernementale soit adopté.
La Commission a aussi formulé deux autres recommandations, afin que le gouvernement du Québec préserve une expertise scientifique de qualité en son sein, soit :
- qu'il accorde un statut particulier aux chercheurs gouvernementaux;
- qu'il veille à ce que des ressources suffisantes soient fournies pour assurer la bonne route des activités de recherches.
